但长期以来，“稿约”在社会层面默认成立，知网绕过作者和杂志社签订授权协议的方式也延续至今。2006年左右，知网还增加了“独家授权”模式，巩固自身在论文资料库领域的地位，那个时候如果是非独家，学术期刊一年能收到的版权费大约3000-6000元，签了独家则是“五万封顶”。
硕博论文的版权获取与之类似，知网从高校处获取论文版权。一本论文的扉页都会有《学位论文版权使用授权书》，其中一条即“可以将本论文编入有关数据库”。大部分硕、博学生不会在意版权让渡，为了提交论文、毕业答辩，都默认签订。
知网有稿酬，只是低到可以忽略不计。按照挂在网站首页的“学位论文领取稿酬通告”，从2008年开始执行的稿酬标准是博士学位论文可获得面值400元的通用阅读卡和100元现金，硕士论文是300元阅读卡和60元现金。
曾有知网人士向《南方周末》透露：知网三分之二的收入来自数据库，剩余三分之一里很大一部分靠“查重费”。“查重”也是知网的重要业务支柱，影响着全国高校学生能否顺利毕业。
在淘宝上，“知网查重”的费用是Paper、大雅等其他查重系统费用的10倍左右，查一篇论文的价格多为两三百元。这些零散的查重服务是如何流到市场上的并无统一说法，一些淘宝卖家也不知道自己的“上线”是谁，只是遵循“一手交钱，一手拿报告”的经营法则。知网曾辟谣称，系统只对机构开放，如高校、出版机构、科研机构等。查重系统和数据库一样，主要是机构用户在为知网买单。
困扰学生们的则是查重规则，高校间素有传言说“13个字符相同即判定重复”，这并非知网公布，但查重并不智能的争议存在已久，诸如直接引语、著作原文等都会被判为重复，每年都有数百万毕业生为了“降重”绞尽脑汁。
翟天临事件后，各高校都不约而同地提高了对毕业论文的查重率要求，去年毕业季被戏称为“天临3年”，有网友分享称为了降低重复率，把“科学家研究出新型结构”改成了“聪明人类研究出新型结构”，还有人称把“处死所有小鼠”改成了“将20只小鼠就地正法”。
商业游戏与权力崛起
知网诞生的本意，是让学术知识的分享和查询变得更加容易。“为世界学术信息传播作出贡献！”1996年的第1期《CAJ-CD导报》上，时任全国人大常委会副委员长的卢嘉锡写下了这番寄语。
CD光盘，是知网的前身。90年代， CD的出现为图书馆资料提供了新的存储介质，创始人王明亮提出了《中国学术期刊（光盘版）》（简称CAJ-CD）项目的经营方案，该项目在1995年正式立项，1996年12月以电子书号的方式正式出版，据《CAJ-CD导报》记载，创刊时就已有1000多种学术期刊加入。
1998年世界银行在《1998年度世界发展报告》中提出了“国家知识基础设施”（简称NKI）概念，王明亮提议建设“中国知识基础设施工程”（即CNKI），这一计划很快得到国家有关部门的肯定与重视，1999年CNKI工程被列入“火炬计划”，科技部等五部委将其评为“国家重点新产品”。
CNKI工程的确代表着学术资源聚合与检索的先进趋势，有国家认可，再加上当时学术界对版权的认知不深，CNKI与各期刊的合作进展得十分顺利。到1999年时，已经有3500种期刊被收录进《中国学术期刊（光盘版）》，短短3年时间，CNKI已经奠定了自己独一无二的地位。
同年CNKI开通“中国期刊网”，2002年上线《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》，按知网的宣传资料描述，该数据库的建立同样离不开国家的支持与机构的协作。2003年“中国期刊网”改名为“中国知网”。
后来虽有一系列股权变动，知网的运营主体自始至终都是市场化的第三方企业，但与此同时，知网却深度介入了国内学术期刊的评定。学术期刊的地位高低取决于“影响因子”，构成影响因子的核心指标是“被引率”。作为最大的学术资料库，只有知网能提供完整的被引率、下载量等重要数据，它每年也会据此发布《中国学术期刊影响因子年报》，供各期刊参考。
除了期刊，在高校工作的学者们所面临的考核、评优等，同样依托于论文的“影响因子”，而既有收录、传播作用，又能给论文影响力提供数据依据的，还是知网。尽管知网不直接参与学术评定，但任何学术评定也离不开它。
也就是说，当一个庞大如知网的资料系统形成后，它所扮演的角色就不再仅是学术传播平台，而是会影响期刊、学者们的命运。在掌握最大传播声量的情况下，知网也同时拥有了一份无形的权力。
权威之下从来不乏挑战者，近年比较知名的案例是中南财经政法大学退休教授赵德馨的诉讼。2013年，他发现自己主编的《中国经济史辞典》在知网下载需要付费，自己十余年来却未收到任何使用费，另外100多篇论文也能在知网上查到，却未经自己授权，年近九旬的赵德馨咽不下气，决意要与知网对簿公堂。
从家属区到图书馆20多分钟的路程，老教授跑了30多趟，将百余篇论文的原件找出来一一拍照取证。这些文章里有20多篇涉及十几位合著者，联系上后，在职的学者大多有所顾虑，担心知网会不再收录，担心期刊迫于知网的压力不再刊载他们的文章。甚至有一位副教授登门拜访，来表达自己不愿授权进行诉讼的无奈。
最后只有赵德馨的爱人，93岁的周秀鸾教授，和他的“大弟子”，73岁的苏少之教授，和他一起起诉了知网，他们已经脱离了学术体系，才能没有后顾之忧。直到2021年12月，此案二审结束，诉讼时长长达两年半，三位老人被判胜诉，总计获赔110余万元，但随后知网下架了三人涉案的所有文章。
案件尘埃落定后知网官网刊出了道歉声明，称将“妥当处理赵德馨教授作品继续在知网平台传播的问题”，这是它成立20多年来的最大让步。过去的侵权纠纷还包括2017年汪曾祺《受戒》诉讼、2008年78名硕博士联名诉讼等，赔偿金额不高，知网的态度都是息事宁人。
就在中科院宣布暂停知网使用权时，赵德馨教授再次发声：“再次上架的事从来没跟我沟通过，这么久了，也没看到知网有什么实质行动，我估计催他们也没什么用。”
“获取知识不该遭遇障碍”
学术资源库的“垄断”与“反抗”，并不是中国特色。
全球最大的学术出版商爱思唯尔手握《细胞》《柳叶刀》等顶级期刊，每年发表25万篇论文，这家公司从19世纪80年代起就在做学术出版生意，互联网普及后也顺理成章地打造了自己的学术资源库，Science Direct每年下载量高达10亿多篇，数量列所有资源库第一，Scopus则涵盖了由5000多家出版商出版发行的21000多种出版物。
爱思唯尔的LOGO是一位老人站在大树边摘取果实，老人象征广大学者，大树象征人类的已有知识，美好的寓意背后，在学术界“两头通吃”的商业模式却正是由它开创的。
《卫报》将其模式特征总结为“研究者供稿，却要花钱看论文”、“科研经费没有提高科研人员的收入，却提高了出版商的利润率”、“订阅费用压得预算喘不过气，高校却不敢不买”，并评价称“纵观人类历史，都很难找到像学术出版一样匪夷所思的行业”。
2019年时，美国加州大学宣布全部10个分校中止与爱思唯尔的合作，该校整个系统每年发表约5万篇论文，占美国学者每年发表文章总量的约10％。一年后，麻省理工也中止了与爱思唯尔的合作。这种“集体抗议”在海外也时有发生，2016年德国一批高校、科研机构曾组成“DEAL”联盟，共同宣布不再与爱思唯尔续约。
冲突原因和国内高校抵制知网的原因相似：费用谈不拢。2018年全年加州大学共付给爱思唯尔1100万美元，这笔费用分为两个部分，“订阅费”即加州大学能在爱思唯尔的数据库上看到文章；“处理费”则是指爱思唯尔为论文提供全网访问平台的费用，相当于每家期刊要收的“版面费”。
加州大学的主张是只交处理费，取消订阅费，坚持“开放获取”（OA）原则。在海外，OA是一种被倡导多年的学术出版模式，其要旨在于由作者承担出版费用，文章对所有读者免费。
2021年3月，爱思唯尔妥协了，与加州大学重新签订了一份“具有里程碑意义的开放获取协议”，加州大学在其旗下2500多种期刊上发表的论文都会向读者免费开放。事实上，2020年时加州大学已经与另一家权威出版集团《自然》达成了OA协议，在OA模式下，作为中介的出版商们就只靠作者们交的“版面费”来获利，不再向机构用户和个人用户牟取暴利，也就在根源上杜绝了“看不起论文”的问题。当时加州大学的谈判主席表示：“这些王牌期刊是OA最难攻克的难题，这是全世界在这方面迈出的第一步。”
《自然》其实是较早支持OA的期刊，早在2014年即宣布旗下49种刊物可以免费阅读，但当时还只是“伪开放”，付费用户在阅读平台ReadCube上把文章分享出来，其他用户才能通过专属链接浏览，不能复制或下载。2020年，《自然》进一步放开，和德国一家数字图书馆签了完整的OA协议，不过OA文章的版面费高达11200美元（约合人民币7.5万）。2021年年底，自然发布的OA文章突破100万篇，占全球OA文章的16％，是所有出版机构中最高的。
现阶段，离全面普及OA模式显然还有一定距离，除了部分机构在艰难推动，还有一些打算绕过现存体系的“盗火者”们。
社交网站Reddit的联合创人亚伦·斯沃茨抗拒任何形式的互联网私有化，提倡所有网络信息都应该公平、开放，他在2008年就写过一篇《开放获取游击队宣言》，并在2011年入侵了麻省理工大学储存学术期刊的在线系统JSTOR，被判35年监禁和100万美元罚款。斯沃茨没有服刑，而是在2013年选择了自杀。
另一位黑客的命运截然不同，哈萨克斯坦黑客亚历山德拉·埃尔巴克彦在2011年创立了盗版网站Sci-Hub：“我连买一篇论文的钱也没有，我不得不另外想办法读到这些文章，最后我学会了自己动手。”
为此她和以爱思唯尔为首的巨头们打了多年游击战，换域名、被起诉都是家常便饭。去年Sci-Hub迎来创立十周年，她表示自己的盗版数据库里已经有了8800万篇免费论文。
2016年时，亚历山德拉曾因为这项颠覆性的举动被《自然》评为“年度十大科学人物”，同年《每日邮报在线》一篇文章引述她的话说，Sci-Hub最多的用户来自中国。
“知识的获取不应遭遇任何障碍。”这是亚历山德拉的理念，本该也是所有学术资源平台的理念。